стал помогать монастырской братии  при болезнях. Самоотверженно ухаживал за больными, кормил варёными снадобьями из лекарственных трав и  больные по молитве целителя излечивались.  Вскоре слух о врачеватели достиг и мирян, которые стали тянутся к лекарю за помощью. В то же время в Киеве был опытный врач-армянин, который по одному виду больного мог определить степень болезни и даже точно определить день его кончины. Когда один из таких обреченных обратился к святому Агапиту, благодатный целитель с молитвой дал ему отведать пищи с монастырской трапезы, и больной выздоровел. Разжигаемый завистью врач хотел отравить Агапита, но Господь сохранил преподобного, и яд не подействовал.
Много историй чудодейственных исцелений связано с именем Агапита Печерского, который при жизни  исцелил Черниговского князя Владимира Мономаха, будущего великого князя Киевского (1114 - 1125), прислав ему вареное былие. Благодарный князь сам пришел в монастырь и хотел видеть своего целителя, но смиренный подвижник скрылся и не принял даров.
Когда сам святой целитель заболел, к нему пришел тот самый врач-армянин и, осмотрев, сказал, что кончина последует через три дня. При этом он дал обет стать православным монахом, если его предсказание не исполнится. Преподобный ответил, что Господь открыл ему, что призовет его только через три месяца.
Святой Агапит почил через 3 месяца (1 июня, не позднее 1095), а армянин пришел к игумену Печерского монастыря, покаялся и принял постриг. "Верно, что Агапит - угодник Божий, - сказал он. - Я хорошо знал, что нельзя ему было при болезни его пережить трех дней, а Господь дал ему три месяца". Так преподобный излечил душевный недуг и направил на путь спасения сомневающуюся душу армянина.